Ο Γέροντας Σωφρόνιος αναλύει την ζωή της Ορθοδόξου Εκκλησίας, που την κάνει να ξεχωρίζη από κάθε άλλη θρησκεία και Χριστιανική Ομολογία. Μέσα στην Εκκλησία μπορεί κανείς να ζήση το μυστήριο του Σταυρού και της Αναστάσεως του Χριστού. Η θέα του ακτίστου Φωτός, η αίσθηση της θείας Χάριτος κατά την θεία Λειτουργία και την άσκηση, η εσωτερική ειρήνη και η πληροφορία, η ιερή ησυχία και η προσευχή κ.α., όλα αυτά δείχνουν την αλήθεια της Ορθοδόξου Παραδόσεως, που υπάρχει πλούσια μέσα στην Ορθόδοξη Εκκλησία. Γι’ αυτό και σε επιστολή του συνδέει στενά: δόγμα, Εκκλησία και άσκηση. Αλλού γράφει «ότι η Ορθόδοξη Εκκλησία διακρίνεται από όλες τις άλλες εκκλησίες σε τρία επίπεδα, γιατί: α) μόνη αυτή αληθεύει πλήρως στην θεολογία της, β) μόνη αυτή γνωρίζει το μυστήριο της χάριτος, της αγίας ζωής, και διαφυλάσσει στην πληρότητα τη θεία χάρη, και γ) είναι η αρχαιότερη, η θεμελιώδης, η βασική, από την οποία αποσχίσθησαν κατά καιρούς μεγαλύτερα η μικρότερα τμήματα». …

Ως ορθόδοξος εμπειρικός θεολόγος δεν μπορεί να δεχθή τον περιορισμό της Ορθοδόξου Εκκλησίας και την θεωρία του οικουμενισμού, τον οποίο θεωρεί ως «μία από τις πιο επικίνδυνες αιρέσεις». Η προσπάθεια μερικών να δημιουργήσουν μια «παγκόσμια και αποστολική εκκλησία» είναι μια πλανεμένη προσπάθεια. Το ίδιο πλανώνται και εκείνοι που προσπαθούν να ζήσουν «κάποιο είδος υψηλού μυστικισμού, που υπερβαίνει τα όρια της εκκλησιαστικής αντιλήψεως της χριστιανικής θρησκείας». Συνιστά: «Προσεύχομαι στον Θεό εσείς να μη πλανηθείτε με όλα αυτά, αλλά να πιστεύετε ακράδαντα με την καρδιά και τον νου ότι υπάρχει πάνω στη γη εκείνη η Μία, Μοναδική και Αληθινή Εκκλησία που ίδρυσε ο Κύριος. Η Εκκλησία αυτή διατηρεί αλώβητη και ακέραιη τη διδασκαλία του Χριστού (και όχι ξεχωριστά μέλη της), κατέχει το πλήρωμα της γνώσεως και της χάριτος και είναι αλάθητη». Και στην συνέχεια προσφέρει την ομολογία του, που είναι έκφραση εμπειρίας και ζωής.