Kariye, eski Yunancada kent dışı veya kırsal alan anlamındaki Khora sözcüğünün Türkçeleşmesinden gelir. 4. yüzyıl kent surlarının dışında bulunmasından dolayı ilk kiliseye böyle bir ad verilmiştir. Kariye'deki mozaik ve freskler Bizans sanatının son dönemine ait en güzel örnekleri olmakla birlikte Hıristiyanlık tarihinin en önemli olaylarını duvarlarında yaşatıyor. Bu mozaik ve fresklerdeki derinliği, hareketliliği ve işçiliği adeta Batıdaki Rönesans akımına ilham kaynağı olmuş şahane eserlerdir. Dış narteks veya koridorunda İsa’nın hayatı, iç nartekste ise Meryem’in hayatıyla ilgili sahneler yer alır. Bu sahneler, Meryem’in ve İsa’nın hayatındaki olaylara göre kronolojik bir sırayı takip eder.
Günümüzün binası 1313 Bizans imparatoru II. Andronikos’un devlet haznedarı Theodoros Metokhites tarafından yürütülen onarımlardan meydana çıkmıştır. Bu dönemde kilisenin kuzeyine bir natreks veya koridor eklenmiş ve güneyine bir mezar şapeli eklenip mozaik ve fresklerle bezenmiştir. Kiliseyi restore eden Theodoros uzun boyu, sofistike tatları ve eğitimi ile çok dikkat çekici bir adamdı. Aşırı zeki biriydi. O kadar güçlü bir hafızazı varmış ki bazıları ona yürüyen kütüphane veya yürüyen ansiklopedi diye hitap edermiş. Herhangi bir konu üzerinde saatlerce sohbet edip değerlendirme yapabilecek kadar bilgiliydi. Akademik olarak hayranlık uyandıracak bir kişiliğe sahip olmasına rağmen politik kariyeri trajedilerle doluydu. Haznedar olarak kendisini 14. yüzyılda II. Andronikos ve torunu III. Andronikos’un arasında geçen politik gerginliğin içinde buluverdi. Bunun sonucunda iki sene sürgün edildi ve sürgünden döndüğünde rahip olup hayatının geri kalanını Kariye manastırında geçirdi. Ölümden sonra lahti kendi sponsorluğu ile inşaat ettiği mezar şapeline yerleştirilmiş. Theodoros'u resmeden mozaikte kendisi resmi giysiler içinde; başında türbana benzeyen geleneksel bir şapka takmış halde tasvir edilmektedir.
Kariye, 1453 yılında İstanbul'un fethinden sonra kilise olarak kullanılmış. Sonrasında, 1511 yılında Vezir Hadım Ali Paşa tarafından camiye çevrilmiştir. 1945 yılında müzeye dönüştürülen yapıdaki mozaik ve freskler 1948-1958 yıllarında Amerikan Bizans Enstitüsü'nün yaptığı çalışmalarla açığa çıkarılmıştır. Bügün eşi benzeri bulunmayan bu mozaikler her sene yüzbinlerce turiste bir görsel şölen sunmaktadır. Çarşamba dışı her gün 09.00-18.00 saatleri arasında gezilebilmektedir. Giriş ücreti 15 TL’dir.