Όποιος επιθυμεί να ασχοληθεί με το φυσικό κόσμο είναι υποχρεωμένος να αντιμετωπίσει δύο βασικά ερωτήματα: Το ένα σχετίζεται με την αιτία της ύπαρξής του και το άλλο με την ίδια την ύπαρξή του, και συγκεκριμένα με τα κίνητρα, τον τρόπο και την εξέλιξη της δημιουργίας.

Το πρώτο ερμηνεύεται αυστηρά θεολογικά, ενώ το δεύτερο κυρίως επιστημονικά. Πρόκειται για μέθοδο που ήδη υιοθετήθηκε από τους Πατέρες της Εκκλησίας μας, ιδιαίτερα από εκείνους που αφιέρωσαν μεγάλο μέρος της θεολογίας τους στην ερμηνεία της δημιουργίας κόσμου και ανθρώπου, όπως ο Μ. Βασίλειος και ο Γρηγόριος Νύσσης. Στην πρώτη περίπτωση η έρευνα προϋποθέτει την πίστη, στη δεύτερη τη γνώση. Ωστόσο, επειδή η έρευνα αφορά στο ίδιο αντικείμενο, δηλαδή το φυσικό περιβάλλον, πίστη και γνώση δεν βρίσκονται απέναντι, αλληλοαποκλειόμενες, αλλά αλληλοσυμπληρούμενες. Και δεν θα μπορούσε να γίνει διαφορετικά, αφού και τα δύο ενυπάρχουν στη φύση του ανθρώπου με την κατ’ εικόνα Θεού δημιουργία του: Ο άνθρωπος είναι φύσει λογικός και ταυτόχρονα φύσει θρησκευτικός.

Ως πλάσμα του Θεού και ως ον της πίστεως ήταν σε θέση ο αρχέγονος άνθρωπος να αποδέχεται χωρίς αμφισβήτηση όσα ο Πλάστης του αποκάλυπτε. Στην περίπτωση αυτή  η πίστη ταυτιζόταν με την παραδείσια θεανθρώπινη κοινωνία. Ήταν τότε που αυτή δεν αφορούσε στην ανάγκη πιστοποίησης της ύπαρξης και παρουσίας του Θεού αλλά στην αποδοχή του ακατάληπτου της ουσίας του.  Μετά την αμαρτία και την απομάκρυνση του ανθρώπου από το Θεό η πίστη αποκτά καταρχήν θεωρητικό χαρακτήρα, αν λάβουμε υπόψη και τον ορισμό που δίνει ο Παύλος: «Έστι δε πίστις ελπιζομένων υπόστασις, πραγμάτων έλεγχος ου βλεπομένων\» (Εβρ. 11, 1), μέχρι να καταστεί ο άνθρωπος σύσσωμος του Χριστού, οπότε, ενεργοποιημένη μέσω της αγάπης, μεταφράζεται και πάλι σε μια σχέση κοινωνίας.

Ο πιστός λοιπόν έχει την δυνατότητα, όταν παρατηρεί τη φύση, να βλέπει πίσω, πέρα και πάνω από αυτή, πράγματα που δεν είναι σε θέση να δει όποιος χρησιμοποιεί μόνο τη γνωστική δύναμη όρασης, προσέγγισης και ερμηνείας της. Με την πίστη αποδεικνύει όσα δεν είναι σε θέση να αποδείξει όποιος επιστρατεύει μόνο τη λογική. Με αυτή μπορεί και απαντά σε ερωτήματα, όπως Ποιος δημιούργησε τον Κόσμο, Ποιο ήταν το κίνητρό του και με Ποιο σκοπό. Ερωτήματα που ξεφεύγουν από τη σφαίρα και τη δυνατότητα του επιστητού.

Ας μην υποθέσουμε ωστόσο ότι πίστη και λογική λειτουργούσαν από την αρχή ξεχωριστά και προπαντός ανταγωνιστικά. Το λογικό δεν δόθηκε στον άνθρωπο για να αντιστρατεύεται την πίστη και να στρέφει τον άνθρωπο κατά του Δημιουργού, αλλά ως υποστηρικτικό της πίστεως. Η διαστροφική λειτουργία του αρχίζει με την πτώση και ολοκληρώνεται μετά από αυτή. Αρχικά επιστρατεύεται για την αμφισβήτηση των προθέσεων του Θεού, με εισήγηση του διαβόλου, και στη συνέχεια για την εξαφάνισή του, ιδιαίτερα σε εποχές αποθέωσης και εξορθολογισμού των πάντων.

Παρά τις διαχρονικές διαστροφικές τάσεις του ορθού λόγου ο Θεός όχι μόνο δεν στρέφεται εναντίον του αλλά και τον τιμά, επιτρέποντάς του να διερευνά τα μυστικά της Δημιουργίας. Έδωσε λοιπόν στους ανθρώπους την επιστήμη και στους επιστήμονες τη δυνατότητα να γίνονται συνεργάτες του, διατηρώντας ωστόσο για τον εαυτό του την ιδιότητα του Δημιουργού και του ιδιοκτήτη της Κτίσης. Με αυτόν τον τρόπο καθορίζονται και τα όρια της συνεργασίας τους.

Ως συνειδητός ή ασυνείδητος συνεργάτης του Θεού ο φυσικός επιστήμων έχει την εξουσία να ερευνά όλα όσα ανήκουν στην δικαιοδοσία του. Όλα όσα δηλαδή απαντούν στο ερώτημα Πώς: Με ποιο τρόπο δημιουργήθηκαν τα όντα, σε ποιους χρόνους, ποια είναι η σχέση μεταξύ τους, με ποιο τρόπο εξελίχτηκαν.

Στην έρευνά του αυτή ο επιστήμων δεν δεσμεύεται από κανένα ιερό κείμενο, αφού αυτά δεν αποτελούν επιστημονικά εγχειρίδια και η ιερότητά τους δεν αναφέρεται ούτε και εξαντλείται στις εμπεριεχόμενες επιστημονικές γνώσεις της εποχής που γράφτηκαν. Γνώσεις που δεν εντάσσονται στη λεγόμενη θεοπνευστία, αποτελούν δε μόνο μέρος της γλώσσας και του παραδείγματος που ο κάθε ιερός συγγραφέας χρησιμοποιεί για να καταγράψει τις θεόπνευστες αλήθειες. Έτσι δικαιολογείται και η ευκολία με την οποία ο Μ. Βασίλειος διαφοροποιείται στην Εξαήμερό του από τις ξεπερασμένες «επιστημονικές» καταγραφές του συγγραφέα της Πεντατεύχου Μωυσή, χωρίς να χαρακτηρίζεται ασεβής ή αιρετικός. Ο λόγος είναι προφανής: Ο επιστήμων μπορεί να ερευνά τα κρυπτά της φύσης χωρίς να αποποιείται αλλά ούτε και να παρεμποδίζεται από την πίστη στο Δημιουργό της.

Σύμφωνα με τα παραπάνω, Θεολογία και Επιστήμη κινούνται παράλληλα χωρίς καμιά δυνατότητα σύγκρουσης. Αυτή είναι τότε μόνο ενδεχόμενη, όταν η καθεμιά αμφισβητεί ή παρεμβαίνει στο έργο της άλλης: Όταν ο επιστήμων επιδιώκει να θεολογεί, να χρησιμοποιεί τη γνώση για να αμφισβητεί την πίστη και το αντικείμενό της, και ο θεολόγος να χρησιμοποιεί την πίστη του για να κάνει επιστήμη ή να ακυρώνει τα αποτελέσματά της.

Στο ερώτημα, αν η Θεολογία είναι επιστήμη, η απάντηση είναι πολύ απλή: Η Θεολογία χρησιμοποιεί την επιστήμη για να διατυπώνει και να εκφράζει τις αλήθειες της πίστεως, όχι όμως και να τις αποδεικνύει κατά τον τρόπο που το κάνει η Επιστήμη.

Στο δε ερώτημα, αν ο επιστήμων μπορεί να είναι και πιστός, η απάντηση είναι εξίσου απλή: Βεβαίως και δεν απαγορεύεται να πιστεύει, αρκεί να μην εξορθολογίζει την πίστη του. Είναι άλλο πράγμα η χρήση της επιστήμης για την υποστήριξη της πίστης και άλλο η χρήση για τη θεμελίωσή της. Είναι το ίδιο λάθος που κάνει και ένας άπιστος επιστήμων, όταν επιδιώκει να στηρίζει την απιστία του στην επιστήμη.

Η συμβολή της συνύπαρξης και συνεργασίας πίστης και Επιστήμης είναι μεγάλη:

α) η Επιστήμη δεν θεοποιείται ούτε διεκδικεί θέση και ρόλους Θρησκείας με τον επιστήμονα να συμπεριφέρεται ως ιερέας,

β) η τεχνολογική πρόοδος δεν οδηγεί τον επιστήμονα στην έπαρση αλλά στην ταπείνωση, που είναι και πιο αποδοτική,

γ) η παρέμβαση στη Δημιουργία δεν γίνεται εωσφορικά αλλά σεβαστικά, πολύ περισσότερο όταν συνειδητοποιείται ότι τα γνωστικά εργαλεία είναι πεπερασμένα και τα μυστικά της φύσης ανεξάντλητα,

δ) η Κτίση δεν εκλαμβάνεται ως ιδιοκτησία των επιστημόνων, κάτι που τους υποχρεώνει να φέρονται ως απολογούμενοι διαχειριστές και όχι ως αναπολόγητοι ιδιοκτήτες,

ε) η Επιστήμη συνδυάζει την έρευνα με τη φιλανθρωπία, με την έννοια ότι τα πορίσματά της δεν χρησιμοποιούνται εναντίον του φυσικού κόσμου και άρα κατά των ανθρώπων αλλά υπέρ της συνέχισης της ζωής του πλανήτη και της διασφάλισης της ισότητας στη χρήση του.

στ) οι επιστήμονες είναι έτοιμοι να διαλέγονται ειλικρινά με τη φύση, κυρίως όμως δεκτικοί στα φυσικά ακούσματα και τα οράματα, όντας πρόθυμοι αφενός να μαθητεύουν στην Κτίση και αφετέρου να γίνονται διαπρύσιοι κήρυκες των μηνυμάτων που αυτή εκπέμπει και που αυτοί πρώτοι αντιλαμβάνονται. Η σχετική προτροπή στο Βιβλίο του Ιώβ είναι χαρακτηριστική: “Ρώτησε τα ζώα, θα σε διδάξουν. Ρώτησε τα πουλιά και θα σου πουν. Μίλα στη Γη και θα σου δώσει μάθημα. Της θάλασσας τα ψάρια θα σου διηγηθούν. Ποιό απ’ όλα αυτά δεν ξέρει πως τό ’πλασε το χέρι του Θεού;(Ιώβ 12, 7-10)