Ο Άγιος Νικόδημος δεν παρακολούθησε μαθήματα θετικών επιστημών σε κάποια ανώτερη σχολή της εποχής του στον τουρκοκρατούμενο χώρο ή αλλού.

Ο Άγιος Αθανάσιος ο Πάριος γράφει σε ανέκδοτο [=μη εκδοθείσα ως τώρα] επιστολή του στις 20 Ιουνίου του 1803 προς τον Νικόδημο, για το έργο του Συμβουλευτικό Εγχειρίδιο: «…αλλά πότε και πού εσπούδαξας την θαυμασίαν ταύτην ανατομικήν; τάχα εις το κολλέγιον της Σκυροπούλας ότε εκείσε μετέβης μετά του αλήστου εκείνου Αρσενίου; ή εις την Ουνιβερσιτάν του Άθωνος;…».

Όπως ανεφέρθη προηγουμένως το πρόγραμμα των μαθημάτων της Ευαγγελικής σχολής δεν περιείχε αντικείμενα των θετικών επιστημών. Η μαθητεία του στον Χρύσανθο τον Αιτωλό και οι βιβλιοθήκες του Άθω ως φαίνεται είναι οι μοναδικές πηγές των γνώσεών του και μάλιστα μόνο η ελληνική βιβλιογραφία, αφού δεν φαίνεται να γνώριζε ξένες γλώσσες. Η αναφορά του σε επιστημονικά θέματα με την οποία συμπληρώνει την επιχειρηματολογία του σε όλο σχεδόν το έργο του δείχνει μια άνεση γνώσεων, αλλά και ανυπαρξία φόβου στην διαχείριση της θύραθεν παιδείας και γνώσης.

Στην ενδιαφέρουσα επιστολή του Αγίου Προς Θωμάν  υπερασπιζόμενος την ησυχία της ασκητικής ζωής γράφει: «…Και αυτοί δε οι έξω φιλόσοφοι τω φωτί του φυσικού λόγου επόμενοι, εγνώρισαν την της ησυχίας ωφέλειαν, ο Πυθαγόρας εν τω όρει της Ίδης ησυχάζων, την πολυθρύλλητον εκείνην παρά τοις μαθηματικοίς εύρηκε πρότασιν…». Υπονοεί προφανώς το πυθαγόρειο θεώρημα. Η πληροφορία είναι πιθανόν να αντλήθηκε από τον Πορφύριο τον Τύριο (233-304 μ.Χ.), στο έργο του «Πυθαγόρου βίος».

Αναφορές στον Πυθαγόρα ως φιλόσοφο, συναντάμε και σε άλλα έργα του. Στο «Συμβουλευτικό Εγχειρίδιο», γίνεται εκ νέου αναφορά στον Πυθαγόρα και στο φερώνυμο θεώρημα, αναφέροντας και τη θέση στην οποία υπάρχει στον Ευκλείδη . Η αναφορά συνυπάρχει με εκείνη στον Αρχιμήδη και στην προσπάθειά του να βρει, κατ’ εντολήν του βασιλιά Ιέρωνα, την αναλογία σε ένα χρυσό στεφάνι του πολυτίμου μετάλλου, φυσικά χωρίς να το καταστρέψει. Αφορμή και για τις δύο αναφορές είναι η χαρά που προξενούν οι πνευματικές ηδονές ακόμα και στους «εξωτερικούς».

Στα «Πνευματικά Γυμνάσματα» και συγκεκριμένα στο «Περί ατάκτου έρωτος του πλούτου και των υπαρχόντων», γράφει: «…Όλαι αι τελειότητες της επιστήμης επ’ άπειρον εκτεινόμεναι, δεν είναι άλλο παρά μία στιγμή, συγκρινόμεναι με την πλέον μικροτέραν τελειότητα της θείας χάριτος. Ερώτησε ένα μαθηματικόν, και ειπέ του˙ ανίσως εγώ πολυπλασιάσω επ’ άπειρον την επιφάνειαν ενός σώματος, ημπορώ ποτέ να συστήσω ένα σώμα; θέλει σου ειπεί όχι…».

Ο Δημήτριος Κωτσάκης, ο οποίος διετέλεσε καθηγητής της φυσικομαθηματικής σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών σε μια σύντομη επιστολή του στο περιοδικό ΑΚΤΙΝΕΣ, αναφέρεται στις αστρονομικές γνώσεις του Αγίου και μάλιστα της εποχής του, τονίζοντας την ευκολία με την οποία χρησιμοποιεί σχετικές έννοιες. Στο βιβλίο «Νέα Κλίμαξ»  ο Άγιος αναφέρεται στη φύση και το χρώμα της Σελήνης, καθώς και ότι «τας αμπώτιδας, ήτοι τας πλημμύρας της θαλάσσης προξενεί». Στο ίδιο βιβλίο (σ. 86, 342), ομιλεί για τις κινήσεις του Ηλίου και της Σελήνης. Μάλιστα για τις περισσότερες από τις αναφορές του, όπως αναφέρει ο καθηγητής Κωτσάκης «βεβαιώνει και η σύγχρονος Αστρονομία».

Στο προαναφερθέν βιβλίο, αναφέρονται ονόματα παλαιοτέρων αστρονόμων και επιστημόνων, όπως του «κορυφαίου Πτολεμαίου», του Πρόκλου, του Αριστοτέλη, του Πυθαγόρα, του Γαληνού, του Αλεξάνδρου του Αφροδισιέως, του Νικηφόρου Βλεμμίδη, και του «Άραβος Αλή». Η αναφορά στους νεότερους δεν γίνεται ονομαστικά, χρησιμοποιούνται οι εκφράσεις, «και παν το σύστημα των Αστρονόμων αποφαίνεται», «οι νεώτεροι φιλόσοφοι, όσον μηχανικοί, άλλο τόσον τολμηροί», «οι δε νεώτεροι», «όθεν και οι νεώτεροι γεωγράφοι», «κατά τους φυσικούς», «κατά δε τους νεωτέρους αστρονόμους», «πάντες σχεδόν οι Αστρονόμοι και παλαιοί και νεώτεροι και οι νεώτεροι λέγουν», «κατά τους νεωτέρους», «κατά δε τους νεωτέρους φυσικούς».

Εξαίρεση αποτελούν δύο ονομαστικές αναφορές. Στην ερμηνεία του ενάτου Αναβαθμού του πλ. α΄ ήχου ο Άγιος γράφει: «…Αόρατος δε κόσμος ονομάζεται υπό των νεωτέρων εκείνος ο τόπος και το διάστημα όπου περιέχει τα τόσον μικρά ζωΰφια, τα οποία είναι αόρατα τελείως εις τους γυμνούς οφθαλμούς μας, δια μέσου δε του μικροσκοπίου ορώμενα, εις τρόπον όπου χίλια εξ’ αυτών δύνανται να σταθούν εις την ακίδα μιας λεπτής βελόνης, καθώς ο νεώτερος φυσικός Λοβενόκιος  παρετήρησε˙ καθ’ ένα δε είδος από αυτά είναι ένας μικρός κόσμος και διαμένει εν τω παντί ήδη επτά χιλιάδας χρόνων και επέκεινα˙ και κάθε άτομον εξ αυτών έχει σπλάγχνα και όλα τα εξωτερικά και εσωτερικά μέλη του σώματος, όσα είναι αναγκαία δια να τρέφεται, διά να ζη και διά να γεννά όμοιόν του…».

Στη «Νέα Κλίμακα» συγκεκριμένα στην ερμηνεία του δωδεκάτου Αναβαθμού του πλ. δ΄ ήχου ο Άγιος δεν διστάζει να καταθέσει τις παρατηρήσεις του Γαλιλαίου, «διά του τηλεσκοπίου κατοπτεύσαντα», όσον αφορά τον αριθμό των αστέρων στις Πλειάδες, διορθώνοντας τους παλαιότερους και μάλιστα τον «θείον Βασίλειον».

Ο Άγιος αναφέρει τους τέσσερις τότε γνωστούς δορυφόρους του Διός και δύο μικρούς «αστερίσκους», λογχίτες τους ονομάζει, πλησίον του Κρόνου, ουράνια σώματα που δεν είναι ορατά δια γυμνού οφθαλμού, αλλά δια του τηλεσκοπίου.  Τα ουράνια αυτά σώματα «…εκλείπουσι και σκοτίζονται συχνές φορές, και σχεδόν καθ’ εκάστην ημέραν, κατά την κοινή δόξαν και παρατήρησιν των νεωτέρων Αστρονόμων, πίπτοντες και κρυπτόμενοι μέσα εις την σκιάν των ιδίων τους πλανητών…».

Με την σημερινή ορολογία κατά την κίνησή τους περί το Δία, οι δορυφόροι του, άλλοτε υφίστανται εκλείψεις, άλλοτε διαβάσεις (προ του δίσκου του Διός) και άλλοτε επιπροσθήσεις. Για τις κηλίδες του ηλίου γράφει: «…Τι άλλο είναι λαμπρότερον και καθαρότερον από τον Ήλιον; Βέβαια κανένα πράγμα του υλικού Κόσμου τούτου˙ και μ’ όλον τούτο οι νεώτεροι Αστρονόμοι με την πολλήν περιέργειάν τους και με την κατασκευήν των τηλεσκοπίων τους, εθεώρησαν μέσα εις αυτόν τον καθαρώτατον και λαμπρότατον δίσκον του Ηλίου, κάποια μικρά και σκοτινά νέφαλα, τα οποία επονομάζουσι κηλίδας, και ρύπους του Ηλίου˙ και μερικοί μεν από αυτούς θέλουσι να είναι πραγματικαί και αληθιναί αι κηλίδες αυταί, και οι ρύποι˙ μερικοί δε εξ’ αυτών λέγουσι, πως είναι πλάνη και απάτη των οφθαλμών, προερχομένη ή εκ των τηλεσκοπίων, ή εκ της αδυναμίας των θεωρούντων αυτάς οφθαλμών…».

Αξίζει να σημειωθεί ότι τους αναφερόμενους τέσσερις δορυφόρους τους Διός τους ανακάλυψε δια του τηλεσκοπίου ο Γαλιλαίος το 1610. Από το 1611 αρχίζουν οι πρώτες παρατηρήσεις κηλίδων με τηλεσκόπιο από το Φαμπρίκιο, το Γαλιλαίο, το Σάινερ και το Χάριοτ. Η ανακάλυψη των δορυφόρων του Διός απετέλεσε για τον Γαλιλαίο ένα ακόμη επιχείρημα περί της ορθότητος του ηλιοκεντρικού συστήματος.

Στην Χρηστοήθεια ο Άγιος Νικόδημος αναφέρει ιδιότητες των ζώων, που τουλάχιστον φανερώνουν αν μη τι άλλο παρατηρητικότητα.

Στον Κήπο Χαρίτων υπάρχει αναφορά στους γεωγράφους Στράβωνα και Ποσειδώνιο.

Την άνεση του Αγίου να κινείται σε χώρους που άπτονται των θετικών επιστημών, φανερώνει ο υπάρχων ύμνος προς την Θεοτόκο στον Κήπο Χαρίτων. Χρησιμοποιεί έννοιες διαφόρων επιστημών για να επαινέσει την Παναγία. Γράφει μεταξύ άλλων: «…Ω γλυκυτάτη και πράγμα και όνομα Μαριάμ, τοσούτον είναι θαυμαστά τα μεγαλεία σου Θεοτόκε, ώστε οπού όλοι οι περί τας λογικάς τέχνας και επιστήμας καταγινόμενοι, εφιλοτιμήθησαν ο καθ’ ένας εξ αυτών, να σε επαινέση με τα της τέχνης και επιστήμης του ίδια. Οι Αριθμητικοί εσένα λέγουν, ότι πλουτείς την κατ’ αυτούς αναλογίαν˙ διά τι ον λόγον και σχέσιν έχει ο ουράνιος Πατήρ προς τον Χριστόν, τον αυτόν έχεις και συ η επίγειος Μήτηρ προς τον αυτόν Χριστόν.

Εσένα οι γεωμέτραι νοούν, κύκλον ευρυχωρότατον˙ επειδή εχώρησας εν τη αγιωτάτη κοιλία σου όλον το τρίγωνον, ήγουν αυτήν την υπερούσιον και αχώρητον Τριάδα, με το να έγινες Μήτηρ μιας των αυτής Αγίων Υποστάσεων˙ αλλά και κέντρον οι αυτοί σε ονομάζουσιν, εν ω στήσας τον διαβήτην του ο νοητός Ευκλείδης, και Αριστοτέχνης Λόγος, εγύρισε παγκάλλιστα όλην την περιφέρειαν της ενσάρκου Οικονομίας του.

Εσένα οι Αστρονόμοι, τώρα μεν, σφαίραν πολύαστρον ονομάζουσι˙ καθώς γαρ εκείνη είναι πεπυκνωμένη με τα αμέτρητα άστρα, έτζι και συ είσαι πεπυκνωμένη με τα αναρίθμητα φωταυγή χαρίσματα του Αγίου Πνεύματος˙ τώρα δε Σελήνην αργυροειδή και ολόφωτον˙ καθώς γαρ η Σελήνη πανσέληνος ούσα, γεμίζει και πλουτίζει τα δεκτικά σώματα των εκείνης απορροιών, έτζι και συ γεμίζεις και πλουτίζεις τους Ορθοδόξους με τας ποικιλοτρόπους απορροίας των Θεομητορικών σου χαρίτων˙ και τώρα Πλειάδα σε ονομάζουν, ήτοι Πούλιαν, διατί καθώς η Πούλια φυλάττει αχώριστον τον σύνδεσμον και την ένωσιν, είτε των επτά αστέρων της, κατά τους παλαιούς˙ είτε των τεσσαράκοντα και προς, κατά τους νεωτέρους Αστρονόμους και μάλιστα τον Γαλιλαίον, διά του τηλεσκοπίου θεωρήσαντα τούτους˙ έτζι και συ φυλάττεις συνδεδεμένους εν τη αγάπη πάντας τους προς σε ευλαβείς Ορθοδόξους οι δε Οπτικοί, εσένα γνωματεύουν θαυμάσιον τηλεσκόπιον, διά μέσου του οποίου απεκαλύφθη η προαιώνιος και κεκρυμμένη βουλή του Θεού, και ημείς οι Χριστιανοί, ακριβέστερον ορώμεν δι’ αυτού τα πόρρω όντα και απόκρυφα του Θεού μυστήρια. Εσένα οι Μηχανικοί υποθέτουν υπομόχλιον ενεργητικώτατον, επάνω εις το οποίον ο μηχανικώτατος Αρχιμήδης, και μέγας αρχιτέκτων Θεός, επιστηρίξας τον εδικόν του μοχλόν, εκίνησεν όχι μόνον όλην την γην, αλλά και όλον τον ουρανόν, και ούτω μετέστησεν αυτά από την φθοράν εις την αφθαρσίαν, και από την τροπήν εις την ατρεψίαν.

Οι δε Φυσικοί θαύμα θαυμάτων υπερφυές σε ονομάζουσιν˙ ακολουθούντες τους εις τους φυσικούς των κανόνας και νόμους, δεν δύνανται να νοήσουν το ειδικόν σου Μυστήριον˙ και πώς περατούται το άπειρον! Άπερ κατά φυσικόν λόγον πάντη υπάρχει αδύνατα…»