Από την αρχή της ιδρύσεως της Εκκλησίας εμφανίσθηκαν διάφορες αιρέσεις, τις οποίες αντιμετώπισε η Εκκλησία συνοδικώς. Η αίρεση διατυπώνεται από κάποιον ή από κάποιους ανθρώπους. Οι οποίοι διδάσκουν μια ετεροδιδασκαλία και σχηματίζουν διάφορες αιρετικές ομάδες, οι οποίες κατ’ αρχάς δρουν μέσα στην Εκκλησία και στην συνέχεια εξέρχονται από αυτήν και δραστηριοποιούνται εκτός της Εκκλησίας, πολεμούν όμως ποικιλοτρόπως την αποκεκαλυμμένη πίστη.

Η λέξη «αίρεση» δηλώνει μια άποψη που αποκλίνει από την επίσημη διδασκαλία μιας θρησκείας και της Εκκλησίας, πρόκειται, δηλαδή, για μια ετεροδιδασκαλία. Ο Απόστολος Παύλος, στην ομιλία του προς τους Πρεσβυτέρους της Εφέσου, αναφέρθηκε στους αιρετικούς, που θα προέλθουν από τους κόλπους της ίδιας της Εκκλησίας. «Εγώ γαρ οίδα τούτο, ότι εισελεύσονται μετά την άφιξίν μου λύκοι βαρείς εις υμάς μη φειδόμενοι του ποιμνίου· και εξ υμών αυτών αναστήσονται άνδρες λαλούντες διεστραμμένα του αποσπάν τους μαθητάς οπίσω αυτών» (Πράξεις Κ', 29-30).

Σε μια επιστολή του ο Απόστολος Παύλος αναφέρεται στις αιρέσεις που αναπτύχθηκαν ακόμη και στην πρώτη Εκκλησία: «δει γαρ και αιρέσεις εν υμίν είναι, ίνα οι δόκιμοι φανεροί γένωνται εν υμίν» (Α Κορινθίους ια', 19). Η εμφάνιση των αιρέσεων αποδεικνύει δοκίμους τους Χριστιανούς, γιατί φανερώνει την σταθερότητά τους. Σε άλλη επιστολή του κάνει λόγο για το πώς πρέπει να αντίμετωπίζουν τον αιρετικό: «αιρετικόν άνθρωπον μετά μίαν και δευτέραν νουθεσίαν παραιτού, ειδώς ότι εξέστραπται ο τοιούτος και αμαρτάνει ων αυτοκατάκριτος» (Τίτ. Γ΄ 10-11).

Η πρώτη Εκκλησία αντιμετώπιζε τις αιρέσεις και προσωπικώς και συνοδικώς. Ο Απόστολος Παύλος στις επιστολές του αντιμετωπίζει πολλές τέτοιες ετεροδιδασκαλίες, άλλα και η Εκκλησία συνεκάλεσε την Αποστολική Σύνοδο στα Ιεροσόλυμα, για να αντιμετωπίσει τον τρόπο εισελεύσεως στην Εκκλησία των Ιουδαίων που ήθελαν να βαπτισθούν (Πράξεις ιε΄, 6-29). Η πρώτη αυτή Αποστολική Σύνοδος έγινε πρότυπο όλων των άλλων Συνόδων που συνεκλήθησαν μεταγενέστερα στην Εκκλησία. Στην συνέχεια, θα δούμε τα περί αιρέσεων και Συνόδων.

Συνήθως η αίρεση σε σχέση με την δογματική διδασκαλία της Ορθοδόξου Εκκλησίας είναι μια ετεροδιδασκαλία, που διαρθρώνεται και διατυπώνεται με έτερα δόγματα. Αλλά επειδή τα δόγματα, οι θεωρητικές διδασκαλίες, συνδέονται με την πρακτική ζωή, γι' αυτό και η αίρεση έχει σχέση με τον τρόπο ζωής αυτών που την κηρύττουν. Για παράδειγμα, η άποψη ότι ο Λόγος είναι κτίσμα του Θεού Πατρός, δείχνει ότι αυτός που την κηρύσσει δεν έχει αληθινή πνευματική γνώση του Θεού, γιατί, αν ήταν πραγματικός θεολόγος-θεόπτης, θα ήξερε ότι ο Χριστός ως Θεός είναι άκτιστος, η δόξα της θείας φύσεως είναι άκτιστη. Οπότε είναι φιλόσοφος-στοχαστής και όχι θεόπτης.

Συνήθως, η αίρεση περιορίζεται στην θεωρητική διδασκαλία και θεωρείται αιρετικός αυτός που αποκλίνει από τα θεσπισθέντα δόγματα της Εκκλησίας. Θα πρέπει, όμως, να δούμε την αίρεση ως προς την εσωτερική της διάσταση. Γιατί, όπως τα δόγματα είναι έκφραση της αποκαλύψεως, και η εφαρμογή των δογμάτων οδηγεί στην εμπειρία, έτσι και η αίρεση είναι απόκλιση από την αποκάλυψη, αλλά συγχρόνως καταστρέφει τον δρόμο προς την θέωση. Είναι σαν να υπάρχει ένα νοσοκομείο που δεν μπορεί να θεραπεύσει τον άνθρωπο.

«Όταν η Εκκλησία αντιμετωπίζει μία αίρεση, το κριτήριο ότι είναι αίρεση, είναι ότι ανατρέπει την εμπειρία της Πεντηκοστής που απεκαλύφθη η πάσα αλήθεια και ανακόπτει την πορεία των ανθρώπων προς την θέωση. Γι' αυτό είναι η αίρεση επικίνδυνη». 

Η ανατροπή της εμπειρίας της Πεντηκοστής γίνεται γιατί οι αιρετικοί αρνούνται την διδασκαλία των θεουμένων Πατέρων της Εκκλησίας, εγκαταλείποντας, δηλαδή, την αποκαλυπτική αλήθεια στηρίζονται, κυρίως, στην λογική τους, τον στοχασμό τους.

«Αλλάζουν την παράδοση εξ αιτίας λογικών σχημάτων που κάνουν, έχουν πιο πολλή εμπιστοσύνη στην λογική τους, παρά στην εμπειρία των θεουμένων, γι' αυτό συλλαμβάνουν κάτι με την λογική τους και ταυτίζουν αυτό με την πραγματικότητα περί Θεού. Όλες οι αιρέσεις προέρχονται από τέτοια εσφαλμένη βάση»

Αυτό σημαίνει ότι οι αιρετικοί στηρίζονται περισσότερο στην φιλοσοφία που είναι γεμάτη από λογισμούς, στοχασμούς και φαντασίες και δεν στηρίζονται στις αποκαλύψεις του Θεού. Επειδή στηρίζονται σε φιλοσοφικές αρχές, στην πραγματικότητα αρνούνται και την διδασκαλία που οδηγεί στην θεοπτία.

«Ο αρειανισμός δεν είναι αίρεση εξ επόψεως θεωρητικής επιστήμης και κακών στοχασμών απλώς. Ο αρειανισμός είναι αίρεση, διότι καταστρέφει την διδασκαλία της Θεώσεως. Δεν καταλαβαίνει το θέμα της Θεώσεως, τις σχέσεις μεταξύ κτιστού και ακτίστου κλπ. Και δεν μπορεί ποτέ μια αίρεση να μεταβάλλει το δόγμα σε βίωμα, διότι πάντοτε το δόγμα της παραμένει ένα κακό βίωμα και δεν θα είναι το βίωμα της Θεώσεως. Και αν δείτε όλες τις αιρέσεις, θα δείτε πάντοτε ότι τα κριτήρια των αιρέσεων είναι πνευματικά. Οι αιρέσεις είναι αιρέσεις, γιατί δεν οδηγούν εκεί που πρέπει να οδηγήσουν. Και δεν μπορεί η αίρεση να οδηγήσει στην σωστή πνευματική ζωή».

«Η αίρεση προέρχεται από έλλειψη καθάρσεως και φωτισμού. Όταν κανείς δεν έχει φωτισμό, διατρέχει τον κίνδυνο να πέσει σε αιρέσεις, διότι συγχέει την σκέψη του περί του Θεού με τον Θεό».

Ο αιρετικός δεν μπορεί να γνωρίσει τον Θεό, γιατί δεν γνωρίζει την μέθοδο θεογνωσίας. Κάθε επιστήμη έχει την θεωρία και αυτή επιβεβαιώνεται με πείραμα και κάθε επαλήθευση του πειράματος οδηγεί στην ίδια θεωρία.

«Ο αιρετικός δεν κατέχει την μέθοδο καθάρσεως, φωτισμού και Θεώσεως, γι' αυτό και είναι αδύνατον να μάθει κανείς από αυτόν την μέθοδο της Θεώσεως».

«Η αίρεση συνίσταται στην αδυναμία να διακρίνει κανείς μεταξύ κτιστών και ακτίστων ενεργειών και ότι η αίρεση προέρχεται από το ότι είναι σκοτισμένος ο νους. Και επειδή είναι σκοτισμένος ο νους, ο άνθρωπος θεολογεί κατά φαντασία και στοχαστικά. Ενώ η πατερική θεολογία δεν είναι στοχαστική. Οι Πνευματικοί Πατέρες δεν στοχάζονται, διότι, εάν εστοχάζοντο, δεν θα υπήρχε αιτία κανένας να ξεφύγει από τον διάβολο. Και μπορεί κανείς να ξεφύγει από τα τεχνάσματα του διαβόλου».

Η αίρεση δεν αναφέρεται μόνον σε δογματικά θέματα, αλλά και στην πνευματική ζωή. Για παράδειγμα ο χωρισμός της Χριστιανικής ζωής σε θεωρητική (δόγμα) και πρακτική (ασκητική) είναι πλάνη. Μερικοί δέχονται τα δόγματα και αρνούνται τις προϋποθέσεις των δογμάτων.