Το έτος της δολοφονίας του Ι. Καποδίστρια (1831), ο Κοραής εκδίδει τον «Ιερατικόν Συνέκδημον», κείμενο με το οποίο προτείνει μεταρρύθμιση της Εκκλησίας κατά τα πρότυπα του προτεσταντικού καλβινισμού. Επιχειρεί την μετατροπή της Εκκλησίας σε «Εθνικό θεσμό» υπό κρατικό έλεγχο. Μια ακόμα δημόσια υπηρεσία δηλαδή. Οι «Κοραϊκοί» θεωρούν απαραίτητη την απόσχιση της Εκκλησίας της Ελλάδος από το Οικουμενικό Πατριαρχείο, αφού η Ελληνική Επανάσταση έγινε κατά των Τούρκων και των Ρωμαίων ("Βυζαντινών") από τους απογόνους των αρχαίων Ελλήνων. Τις ιδέες του Κοραή θα εφαρμόσουν αργότερα οι συνεργάτες του, όπως λ.χ. ο Θεόκλητος Φαρμακίδης με την συνεργασία του Μάουρερ, οι οποίοι οργανώνουν Εκκλησιαστικό πραξικόπημα, με συνεργασία των Βαυαρών. Πλέον αρχηγός της Ι. Συνόδου θεωρείται ο αλλόδοξος (Παπικός) Όθωνας, ο οποίος προεδρεύει και τον οποίο πρέπει να μνημονεύουν οι Ιερείς. Με βάση την νέα κατάσταση ο ξένος και αλλόδοξος Βασιλιάς διορίζει την πενταμελή Ιερά Σύνοδο κατά τις απόψεις του. Ευτυχώς το σχίσμα αυτό δεν διαρκεί πολλά χρόνια και το 1850, μετά από ορισμένες υποχωρήσεις της Ελλαδικής Εκκλησίας το σχίσμα θεραπεύεται. Ας δούμε όμως τι συνέβη στην Εκκλησία της Ελλάδος μετά το 1833 και την επικράτηση των κοραϊκών:

«Είμαστε στο 1833. Το μικρό κράτος, το μέχρι της Μελούνας, μετρά τα μοναστήρια του. Βρέθηκαν 593. Πολλά είναι. Δεν χρειάζονται τώρα πια (λίγο πριν χρειάζονταν όμως). Με διάταγμα λοιπόν της Βαυαρικής Αντιβασιλείας (γράφε: Θεόκλητος Φαρμακίδης) της 25/9 του αυτού έτους καταργούνται 412, όλα όσα είχαν κάτω από εξ μοναχούς. Οι εγκαταβιούντες σ’ αυτά μοναχοί έπρεπε να εξωσθούν βιαίως, η δε περιουσία αυτών να κρατικοποιηθή.

 Με άλλο διάταγμα της αντιβασιλείας της 25/2 του επομένου έτους διατάσσεται ο περιορισμός των γυναικείων Μονών εις τρεις μόνον καθ’ άπασαν την επικράτειαν. Εις το κάθε ένα από αυτά να μη υπερβαίνουν οι μοναχές τις 40. Εάν τυχόν αι μοναχαί υπερέβαινον τον αριθμόν αυτόν, “θέλουν προσκληθή παρά του κατά τόπον επισκόπου να παραιτήσωσι την μοναστικήν ζωήν και να επανέλθουν εις τον κόσμον. Τον επίσκοπον θέλει επιφορτίσει η Σύνοδος να κοινοποιήση προς αυτάς εν ονόματί της, ότι δύνανται να πράξωσι τούτο ακατακρίτως”.

 Και ήθελεν ειπή τις: Καλά, αυτό είναι διαταγή του Κράτους. Η Σύνοδος τι έκαμε, αντέδρασε; Πώς να αντιδράση εφ’ όσον συντάκτης του διατάγματος και της εγκυκλίου ήταν ένα και το αυτό πρόσωπον, ο κοραϊστής Θεόκλητος Φαρμακίδης, Αρχιγραμματεύς της τετραμελούς Συνόδου; (Κορίνθου Κύριλλος, Βοιωτία Παϊσιος, Θήρας Ζαχαρίας, Αττικής Σοφρόνιος); Κάθε άλλο μάλιστα. Ευηρεστήθη τα μάλα. Άκου λοιπόν συνοδικάς αυτοκεφάλους επευφημίας:

 Εν Ναυπλία την 5 Μαϊου 1834

“…Όθεν κατηργήθησαν τα έχοντα ολιγωτέρους των έξ μοναχούς και διατηρούνται μόλις 80-90, όσα δηλαδή έχουσι περισσοτέρους των έξ μοναχών…Κανείς βεβαιότατα δεν θέλει ευρεθή εναντίος του χρησιμώτατου τούτου μέτρου, σκεπτόμενος ορθώς και απαθώς εις τα μεγάλα αυτού αποτελέσματα”.

Ποια αποτελέσματα;

 Όσα εσεβάσθησαν οι κατακτηταί επί αιώνας, κατεστράφησαν σε δύο-τρεις μήνες. Η ζημιά για την Εκκλησία και το Γένος είναι ανυπολόγιστες. Ιερά κειμήλια χειρόγραφα ιερά σκεύη, άγια λείψανα, πετάχτηκαν στα ρέματα, πουλήθηκαν, κάηκαν. Μ’ ένα και μόνο σκοπό. Να μην μπορούν οι εκδιωχθέντες καλόγηροι να επιστρέψουν και πάλιν. Λες και οι χθεσινοί αγωνισταί έγιναν σήμερα άσπονδοι εχθροί.

 Την τραγικήν αυτή εικόνα παρουσιάζει εύγλωττα με τον δικό του μοναδικό τρόπο ο Μακρυγιάννης (Απομνημονεύματα, εκδόσεις Καραβία, σ. 362):

“Αφάνισαν όλως διόλου τα μοναστήρια και οι καημένοι οι καλόγηροι, όπου αφανίσθησαν εις τον αγώνα, πεθαίνουν της πείνας, μέσα στους δρόμους, οπού αυτά τα μοναστήρια ήταν τα πρώτα προπύργια της επανάστασής μας… Και θυσιάστηκαν οι καημένοι οι καλόγεροι, και σκοτώθηκαν οι περισσότεροι εις τον αγώνα. Και οι Μπαυαρέζοι παντύχαιναν ότι είναι Καπουτσίνοι της Ευρώπης, δεν ήξεραν ότι είναι σεμνοί και αγαθοί, άνθρωποι και με τα έργα των χεριών τους απόχτησαν αυτά αγωνίζοντας και δουλεύοντας τόσους αιώνες και ζούσαν μαζί τους τόσοι φτωχοί κι έτρωγαν ψωμί. Και οι αναθεματισμένοι της πατρίδας πολιτικοί μας και οι διεφθαρμένοι αρχιερείς…συμφώνησαν με τους Μπαυαρέζους και χάλασαν και ρήμαξαν όλους τους ναούς των Μοναστηριών”» [Αρχιμ. Δοσίθεου «Θέλω να πιώ όλο τον Βόσπορο», Β’ έκδοση, εκδ. Ι. Μονής Τατάρνης Ευρυτανίας, σελ. 256-257 ]