Βασική διδασκαλία της Εκκλησίας είναι ότι το σώμα δεν προϋπήρχε της ψυχής ούτε η ψυχή προϋπήρχε του σώματος, αλλά η ψυχή και το σώμα δημιουργήθηκαν ταυτοχρόνως.

Στο βιβλίο της Γενέσεως γράφεται: «και έπλασεν ο Θεός τον άνθρωπον, χουν από της γης, και ενεφύσησεν εις το πρόσωπον αυτού πνοήν ζωής, και εγένετο ο άνθρωπος εις ψυχήν ζώσαν» (Γεν. Β΄, 7). Η πλάση αναφέρεται στο σώμα, και το εμφύσημα «πνοήν ζωής» αναφέρεται στην ψυχή. Η δημιουργία του σώματος έγινε με την ουσιοποιό ενέργεια του Θεού και η δημιουργία της ψυχής έγινε με την ζωοποιό ενέργεια του Θεού. Στην πραγματικότητα μία είναι η ενέργεια του Θεού, αλλά, ανάλογα με τα αποτελέσματα που δημιουργεί, λαμβάνει διάφορα ονόματα.

Έτσι, κατά την διδασκαλία των Προφητών, Αποστόλων και Πατέρων, που είναι διδασκαλία της Εκκλησίας, η ψυχή δημιουργήθηκε από τον Θεό ταυτοχρόνως και συνυπάρχει με το σώμα μέχρι τον θάνατο. Τότε χωρίζονται τα δύο στοιχεία, προσωρινώς, μέχρι την κοινή ανάσταση, οπότε πάλι θα γίνη ένωση ψυχής και σώματος, τόσο στους δικαίους, όσο και στους αμαρτωλούς.

Διαφορετικά πρέσβευαν για το θέμα αυτό οι Μανιχαίοι και ο Πλάτων, από τους όποιους επηρεάσθηκε ο Αυγουστίνος. Οι Μανιχαίοι, εισήγαγαν την σύγκρουση μεταξύ φωτός και σκότους, που ήταν βασική διδασκαλία τους, και στην σχέση μεταξύ ψυχής και σώματος.

«Οι Μανιχαίοι υποστήριζαν ότι από την σύγκρουση των δύο στοιχείων συνίσταται ο άνθρωπος, όπως είναι τώρα. Γι' αυτό αποτελείται από ψυχή και σώμα. Η ψυχή είναι μέρος του φωτεινού κόσμου και το σώμα είναι μέρος του σκοτεινού κόσμου.

Εξ επόψεως γνωσιολογίας, αυτό έχει σημασία, διότι ο άνθρωπος, όπως είναι, είναι μέρος ή του φωτεινού μέρους ή του σκοτεινού μέρους του σύμπαντος. Και βέβαια, υπήρχε η αρχή στην αρχαιότητα, ότι το όμοιο γνωρίζει το όμοιο. Όταν υπάρχη ομοιογένεια, τότε τα όμοια γνωρίζονται. Ο άνθρωπος, δηλαδή, που αποτελείται από το φωτεινό και από το σκοτεινό στοιχείο, γνωρίζει και τα δύο, και το φωτεινό και το σκοτεινό. Επομένως, όταν ο άνθρωπος είναι μυημένος στον μανιχαϊσμό, γνωρίζει την αλήθεια. Αυτή είναι η αλήθεια, κατά τους Μανιχαίους, και είναι πάρα πολύ απλή».

Ο Πλάτων υποστήριζε ότι η ψυχή ανήκε προηγουμένως στον αγέννητο κόσμο των ιδεών και στην συνέχεια περικλείσθηκε στο σώμα, για να τιμωρηθή.

«Η πλατωνική φιλοσοφία βασίζεται στην ιδέα ότι ο άνθρωπος αποτελείται από σώμα και ψυχή, αλλά η ψυχή προέρχεται από τον νοητό κόσμο και δεν είναι υλική ψυχή. Είναι ένα καθαρό πνεύμα, το οποίο ευρίσκεται εκτός ύλης και έκτος χρόνου, εκτός διαστάσεων κ.ο.κ. Και ευρίσκεται σε μια κατάσταση αμέσου επαφής με τα αρχέτυπα. Και ότι τα εν τω κόσμω είναι εικόνες αυτών των αρχετύπων.

Οπότε, το αντικείμενο των γνώσεων της ψυχής είναι αυτά τα αρχέτυπα, που είναι η αλήθεια. Διότι, κατά τον Πλάτωνα και τον Αριστοτέλη, η αλήθεια είναι το αμετάβλητο. Δεν μπορεί η αλήθεια να είναι μεταβλητό. Αυτό που αλλάζει δεν είναι η αλήθεια. Εκείνο που δεν αλλάζει είναι η αλήθεια, σ’ αυτά τα συστήματα».

Η θεωρία αυτή δεν έγινε αποδεκτή από τους θεουμένους Πατέρες, γιατί εν Αγίω Πνεύματι γνώριζαν ότι και η ψυχή και το σώμα είναι κτίσματα-δημιουργήματα του Θεού και μάλιστα «καλά» δημιουργήματα εξ αρχής, αφού ο Θεός δεν είναι αίτιος του κακού. Οι Πατέρες γνώριζαν και γνωρίζουν ότι ο άνθρωπος έχει συνείδηση του εαυτού του, αλλά και συνείδηση του περιβάλλοντός του, δηλαδή «ξέρει ο άνθρωπος ότι είναι μέσα στο σώμα και έχει συνείδηση του περιβάλλοντός του».

Επίσης, οι θεόπτες Πατέρες γνωρίζουν εκ πείρας ότι ο άνθρωπος έχει δύο «μνημονικά» συστήματα, το ένα είναι το «μνημονικό» που βρίσκεται στα κύτταρα και συνδέεται με το νευρολογικό σύστημα του οργανισμού του ανθρώπου, και το άλλο είναι το πνευματικό «μνημονικό» σύστημα που συνδέεται με την μνήμη του Θεού και ενεργείται στην ψυχή-καρδιά.

«Σήμερα έχουνε βρει το DNA μέσα την καρδιά του κυττάρου δηλαδή, και είναι το μνημονικό σύστημα κάθε κυττάρου. Κάθε κύτταρο έχει και ένα μνημονικό σύστημα. Οπότε, ξέρουμε ότι υπάρχει το μνημονικό στο κύτταρο. Γι' αυτό και το κύτταρο ξέρει τι να κάνει κιόλας, ποια γονίδια να ανάψουν, ποια να σβήσουν για να γίνη το ένα μύτη το άλλο μάτι κ.ο.κ.

Μετά έχουμε το μνημονικό που είναι στο νευρολογικό σύστημα. Και αυτό είναι ολόκληρο μνημονικό σύστημα. Ολόκληρο το νευρολογικό σύστημα είναι μνημονικό σύστημα, σύστημα επικοινωνίας με τα διάφορα μέλη του σώματος με τον εγκέφαλο. Και αυτός ο εγκέφαλος, έχει αποδειχθή πλέον, αυτό κάνει και τα μαθηματικά, και τα πάντα γίνονται εδώ μέσα πλέον. Λοιπόν, αυτό το νευρολογικό σύστημα, με αυτή τη φαιά ουσία βρίσκεται εδώ πάνω, δηλαδή, και αυτό είναι ένα μνημονικό σύστημα.

Τα ’λεγα σε έναν Αγιορείτη έτσι και λέει: Καλά, α! τι ωραία είναι. Και πήγε να με προλάβη και λέει: Αλλά ξέρουν αυτοί ότι υπάρχει και στην καρδιά ένα μνημονικό, που είναι η αέναος μνήμη Θεού και εκεί είναι ένα μνημονικό, το οποίο όμως δεν εργάζεται εκεί, η μνήμη Θεού;

Ενώ τα κύτταρα εργάζονται κανονικά, η φαιά ουσία, η λογική εργάζεται κανονικά, η προσαρμογή του ανθρώπου προς το περιβάλλον εργάζεται καλά, η διατροφή του ανθρώπου κατά το μάλλον ή ήττον εργάζεται εξαρτάται από την δίαιτα που κρατάει ο άνθρωπος εάν τρώη σκουπίδια ή σωστά φαγητά κλπ. Και όμως υπάρχει και κάτι άλλο το οποίο δεν δουλεύει, αλλά υπάρχει όμως· δεν εργάζεται. Λοιπόν αυτό που υπάρχει και δεν εργάζεται δεν είναι μόνο θεολογικό θέμα, είναι βιολογικό, χημικό, ψυχολογικό, ψυχιατρικό, κλπ., θέμα. Γι' αυτό το λόγο πιστεύω, γι' αυτό είμαι και Ορθόδοξος».

Αυτό το πνευματικό μνημονικό σύστημα γνωρίζεται από την πείρα με την νοερά προσευχή και τα αποτελέσματά της. «Εκείνος που έχει μελαγχολία θεραπεύεται με αποκατάσταση της χημικής συνδέσεως στις συνάψεις του μέσα στο μυαλό του». Αλλά παράλληλα γίνεται, με την ενέργεια του Αγίου Πνεύματος, και θεραπεία στην ψυχή, που επεκτείνεται και στο σώμα. Επομένως, με την νοερά προσευχή στην καρδιά «έχουμε ορισμένα φαινόμενα, εκτός από την αγάπη, ότι σε αυτόν τον άνθρωπο δεν υπάρχει φόβος. Σε τέτοιο σημείο μένει ανεπηρέαστος, που μπορεί το σώμα του να περάση τα χειρότερα βασανιστήρια και να μην αρνηθή τον Χριστό».

Αυτό φαίνεται και από τις ψυχικές και τις σωματικές ασθένειες.

«Οι παθήσεις του ανθρώπου, οι πιο σοβαρές, δεν είναι οι σωματικές, τις οποίες θεραπεύουμε όταν πάμε στο γιατρό και παίρνουμε χάπια και ασπιρίνες κ.ο.κ. Δεν είναι αυτές οι σοβαρές παθήσεις του ανθρώπου. Οι σοβαρότερες παθήσεις των ανθρώπων είναι αυτές της ανθρωπίνης προσωπικότητάς του, που τον άνθρωπο τον υποχρεώνει τελικά και πολέμους να κάνη και να σκοτώνη ανθρώπους και να κλέβη και να λέη ψέματα».

Η ψυχή ενεργεί μαζί με το σώμα, αλλά είναι διαφορετική από αυτό.

«Αν βρεθή τρόπος να αλλάξουμε τον εγκέφαλο του ανθρώπου και να είναι πάλι ο ίδιος άνθρωπος, τότε πλέον έχουμε απόδειξη περί υπάρξεως της ψυχής, που δεν ταυτίζεται με το σώμα. Αλλά αναμένουμε στο ακουστικό μας τώρα, να δούμε τι θα γίνη».