Εκτός από τη Νουβία, ο Ιουστιανιανός, μετά την κατάλυση του κράτους των Βανδάλων στη Βόρειο Αφρική, φρόντισε να διαδώσει τον Χριστιανισμό και στους Μαυρούσιους ή Μαύρους της περιοχής.

Υπάρχουν πληροφορίες ότι, κατά την περίοδο της βασιλείας του, αρκετές ομάδες Βερβέρων ασπάσθηκαν τη Χριστιανική πίστη. Από αυτές τουλάχιστον δύο βρίσκονταν στη σημερινή Λιβύη, κοντά σε παλαιές ρωμαϊκές πόλεις, τις οποίες ο αυτοκράτορας ανοικοδόμησε.

Και μετά τον θάνατο του Ιουστινιανού συνεχίσθηκε ο εκχριστιανισμός των ιθαγενών. Συνήθως οι φυλές που υπέγραφαν ειρήνη με τη Βυζαντινή αυτοκρατορία, επισφράγιζαν τη συνθήκη με την αποδοχή του βαπτίσματος.

Αν κρίνει κανείς από τα ερείπια της βυζαντινής εποχής που διασώθηκαν στην Αφρική, διαπιστώνει ότι υπήρχαν πολλοί ναοί στις πόλεις, πράγμα το οποίο αποτελεί τουλάχιστον ένδειξη εξαπλώσεως του Χριστιανισμού στους κατοίκους τους.

Όταν στις αρχές του 8ου αιώνα εισέβαλαν στη Βόρειο Αφρική οι Μουσουλμάνοι, μεγάλο μέρος του πληθυσμού στις βόρειες περιοχές της σημερινής Τυνησίας και των βορειοανατολικών τμημάτων της σημερινής Αλγερίας ήταν Χριστιανικό.

Κατά τους χρόνους της βυζαντινής κυριαρχίας υπήρχαν πολλές Χριστιανικές κοινότητες σε όλο το μήκος της βορείου παραλίας της Αφρικής μέχρι τα στενά του Γιβραλτάρ (K. S. Latourette, History of the Expansion of Christianity, τόμ. II, London 1938, σ. 30).

Εκτός όμως των περιοχών αυτών, ο Χριστιανισμός είχε προχωρήσει πολύ βαθύτερα. Ο Κοσμάς ο Ινδικοπλεύστης, από ταξίδι του χρονολογούμενο μεταξύ 520-525, μας πληροφορεί ότι υπήρχαν πολυπληθείς Χριστιανικές κοινότητες στη νήσο Σοκότρα, απέναντι από το ανατολικότερο ακρωτήρι της Αφρικής.

Μεγάλο μέρος των κατοίκων του νησιού ήσαν Έλληνες άποικοι από την Αίγυπτο και μιλούσαν την Ελληνική (Κοσμά Ινδικοπλεύστου, "Χριστιανική Τοπογραφία" PG 88, 169, 445).

Σε αντίθεση με ό,τι κατά καιρούς η άγνοια της ιστορίας επέτρεψε να νομίζεται, η ιεραποστολική συνείδηση των Χριστιανών της ανατολής υπήρξε από την αρχή σφριγηλή και κινητοποιούσε όχι μόνο εμπνευσμένους επισκόπους και μοναχούς αλλά και απλούς Χριστιανούς —εμπόρους, αιχμαλώτους, γυναίκες, εφήβους— στις πλέον τολμηρές Ιεραποστολικές διεισδύσεις.